MTQにあったこちらがどういうことか？を試してみた。

カテゴリセットの一覧表示で適切なリンクが反映されない - MTQ | Movable Type ユーザーコミュニティ
https://communities.movabletyp...

カテゴリセットの準備

とりあえず2つのカテゴリセットを作る。

数字

アルファベット

アルファベットの方の「カテゴリセット」をコンテンツタイプ「カテゴリテスト」を作成してフィールドを設定する

このコンテンツタイプのカテゴリアーカイブを作成する。

マッピングはこんなかんじで。

わかりやすくするために bbbb/ 以下になるようにしておく。

インデックステンプレートでカテゴリセットを表示する

インデックステンプレートで MTQ にあったテンプレートをそのままコピペ。
わかりやすくアーカイブリンクも表示させるようにした。

カテゴリアーカイブを出力している「カテゴリセット」の方はこんな感じになる。

想定通り。

カテゴリアーカイブを設定していない「カテゴリ数字」のカテゴリセットもURLとしては bbbb が入ったものになる。

まぁ、「カテゴリ数字」の方のカテゴリアーカイブがないからリンクするものがないだろうし、これが正しいかどうかはあるが。

「カテゴリ数字」のカテゴリアーカイブを設定したらリンクはちゃんとそちらになった。

質問された方の意図はこういう話ではないような気もするが、どうなんだろう。